La Neue Bachgesellschaft voit le jour le 27 janvier 1900 à Leipzig, émanation de la Bachgesellschaft créée en 1850 à Leipzig également par Robert Schumann, Franz Liszt, Ignaz Moscheles, Louis Spohr, Otto Jahn, Carl von Winterfeld, Siegfried Wilhelm Dehn, Carl Ferdinand Becker et Moritz Hauptmann, alors Cantor de Saint-Thomas. Elle a pour objectif de publier une édition complète des oeuvres de Jean-Sébastien Bach.

En 1900, sa tâche étant accomplie, la Bachgesellschaft est dissoute conformément à ses statuts. Mais la Neue Bachgesellschaft est immédiatement constituée à l’initiative de Hermann Kretzschmar, en coopération avec Oskar von Hase, Martin Blumner, Siegfried Ochs, Joseph Joachim, Franz Wüllner et Gustav Schreck, Cantor de Saint-Thomas. Depuis lors, les Festivals Bach notamment, et les Annales Bach – qui paraissent depuis 1904 – contribuent à répondre à l’objectif qu’elle s’est fixé : faire connaître l’oeuvre de Bach au monde entier.

À partir de 1940, la Seconde Guerre mondiale entrave de plus en plus le travail de la Neue Bachgesellschaft. Il cesse provisoirement à la suite du bombardement de Leipzig en décembre 1943, qui détruit notamment un grand nombre de documents concernant la NBG elle-même et les promesses de dons de ses membres.

La Neue Bachgesellschaft reprend son activité après la guerre, avec des publications (depuis 1947) et l’organisation de festivals (depuis 1950). Elle survit à la division de l’Allemagne : à partir de 1962, ses équipes dirigeantes sont constituées à part égale de personnalités des deux États allemands et de l’étranger. L’unification de l’Allemagne en 1990 marque une nouvelle étape de son histoire. De nouveaux statuts sont mis en place, mais sa mission première demeure, à laquelle s’ajoutent des réflexions permettant une actualisation régulière.