Die Neue Bachgesellschaft e.V. wurde am 27. Januar 1900 in Leipzig gegründet. Sie steht in der Nachfolge der Bach-Gesellschaft, die 1850 in Leipzig u. a. von Robert Schumann, Franz Liszt, Ignaz Moscheles, Louis Spohr, Otto Jahn, Carl von Winterfeld, Siegfried Wilhelm Dehn, Carl Ferdinand Becker und dem Thomaskantor Moritz Hauptmann gegründet worden war mit dem Ziel der Veröffentlichung der Werke Johann Sebastian Bachs in einer Gesamtausgabe.

Als dieses Ziel 1900 erreicht war, löste sich die Bach-Gesellschaft satzungsgemäß auf. Auf Initiative von Hermann Kretzschmar und unter Mitwirkung von Oskar von Hase, Martin Blumner, Siegfried Ochs, Joseph Joachim, Franz Wüllner und dem Thomaskantor Gustav Schreck konstituierte sich gleichzeitig die Neue Bachgesellschaft, um Bachs Werk in aller Welt bekannt zu machen. Diesem Ziel dienen seither vor allem die Bachfeste und das seit 1904 erscheinende Bach-Jahrbuch.

Von 1940 an beeinträchtigte der Zweite Weltkrieg die Tätigkeit der Neuen Bachgesellschaft zunehmend; die Zerstörung von Geschäftsunterlagen und vorbereiteten Mitgliedsgaben beim Bombenangriff auf Leipzig im Dezember 1943 brachte die Arbeit vorübergehend ganz zum Erliegen.

Mit Veröffentlichungen (seit 1947) und der Veranstaltung von Bachfesten (seit 1950) nahm die Neue Bachgesellschaft ihre Tätigkeit nach Kriegsende wieder auf. Die Zeit bis zum Ende der deutschen Teilung 1990 konnte die Neue Bachgesellschaft – seit 1962 mit paritätisch besetzten Leitungsgremien, deren Mitglieder aus beiden deutschen Staaten und dem Ausland stammten – ungeteilt überstehen.

Mit der deutschen Wiedervereinigung begann für die Neue Bachgesellschaft ein neuer Abschnitt ihrer Geschichte. Aus diesem Grunde wurde die Satzung überarbeitet. Die Ausfüllung des Satzungszweckes bleibt jedoch nach wie vor die vornehmste Aufgabe der Gesellschaft.